La continuación de la serie Stratos 4. El complot continúa y mientras tres reclutas nuevas alcanzan la base para entrenarse, el equipo entero regresa a unírsele a la diversión y defender el planeta de enemigos exteriores o tal vez interiores. Mikaze y sus 3 amigas son promocionadas a instructoras. Mientras tanto mas cometas tienen como objetivo la Tierra y tanto el misterio tras la crisis de la Agencia de Gestian de Emergencias Casmicas como el de los parasito alienigenas permanencen en las sombras. Una escasez de pilotos en la base demanda medidas drasticas y trabajo de equipo por parte de todos. A esto se suma la fuga de Miharu, con lo que todo el mundo se afana por averiguar cual seran sus intenciones