La historia se desarrolla inmediatamente después del final de Saber Marionette J, después de que las marionetas regresan de la nave Mesopotamia, todos regresan a su vida normal, hasta que un día, las marionetas de Fausto se aparecen en el desayuno, Fausto le explica a Otaru por medio de una carta que el propósito de que sus muñecas sable estén ahí es para que Otaru hiciera madurar sus circuitos vírgenes y también para hacerlas capaces de vivir en sociedad, a excepción de Tigresa, cuyo circuito virgen quedó seriamente dañado en los capítulos finales de Saber Marionette J, por lo tanto, le pide a Lorelei que repare el circuito virgen de Tigresa. Aparece una séptima marionette llamada Marina, que tiene un misterioso poder — ¡¡y además todas poseen el circuito especial Otome que permite a las marionettes tener emociones!!