La adaptación al ánime difiere enormemente del manga, así pues Ga-Rei: Zero comienza con la historia del Ministerio de Defensa y su Cuarta División Especial, enfrentando a las diversas categorías A-D y a una nueva Categoría A, también encontraremos al Ministerio del Ambiente y su División, Kagura descendiente de la familia Tsuchimiya, una familia de exorcistas, pertenece a esta División, ella junto con su “hermana” Yomi Isayama, sin embargo tras diversos sucesos, pasa algo que cambiará el rumbo de los miembros.
Kensuke tiene la capacidad de ver fantasmas pero sabe mantener su vida estable a pesar de su habilidad. Sin embargo, un día conoce a una chica en media de su cacería de espíritus. Ella es capaz de convocar a “Ga-Rei”, el cuál puede devorarlos. Kensuke rápidamente se ve reclutado por esta chica y empiezan a trabajar juntos para cazar espíritus que pretenden causarle daño a los humanos.